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昌吉学院设有中文系、中语系、经济管理系、外语系、数学系、计算机工程系、物理系、化学与应用化学系、体育系、音乐系、美术系、初等教育学院、马克思主义学院、继续教育学院、航空学院等15个二级教学单位，共76个本、专科专业（其中40个本科专业，36个专科专业），专业覆盖法学、教育学、文学、理学、工学、经济学、管理学、艺术学八个学科门类。学院于2012年获批教育部“特需项目”建设单位，2013年开始招收工程硕士专业学位研究生，2018年获批硕士学位授予单位，有材料与化工（材料方向、化工方向）、教育硕士（学科教学·语文、学科教学·数学）两个专业学位硕士授权点。学院现有数学与应用数学、小学教育、材料物理、能源与动力工程、化学工程与工艺、计算机科学与技术（云计算）六个自治区一流专业，数学分析、高等代数两个自治区一流课程；材料科学与工程自治区重点学科，能源与动力工程、计算机科学与技术（云计算）和网络与新媒体三个自治区重点专业，已逐步形成了专业设置比较合理，多学科共同发展的办学格局。
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